در پی مرگ ابراهیم رئیسی و هیات همراه، هیات دولت تشکیل جلسه داد و بیانیهای صادر کرد و ضمن تسلیت سانحه بالگرد، اعلام کرد: «با همراهی مردم بزرگوار کوچکترین خللی در مدیریت جهادی کشور ایجاد نخواهد شد.»
در پی اعلام رسمی کشته شدن ابراهیم رئیسی، جلسه فوقالعاده «سران قوا» با حضور باقر قالیباف و غلامحسین محسنیاژهای به میزبانی محمد مخبر، معاون اول رئیس دولت صبح دوشنبه نیز برگزار شد.
طبق قانون اساسی جمهوری اسلامی در صورت مرگ رئیس جمهوری، معاون اول با تایید رهبر جمهوری اسلامی ریاست دولت را برعهده میگیرد و شورایی متشکل از روسای قوه مقننه، قضاییه و معاون اول دولت، مسئولیت اجرایی را برعهده میگیرند تا ظرف ۵۰ روز انتخابات ریاست جمهوری تازهای برگزار شود.
خامنهای که روز گذشته در یک سخنرانی گفته بود که در صورت مرگ رئیسی خللی در کار کشور ایجاد نمیکند، صبح امروز ۳۱ اردیبهشت ۱۴۰۳، با چند ساعت تأخیر پیامی برای کشته شدن ابراهیم رئیسی، حسین امیرعبداللهیان و هیئت همراه صادر کرد.
خامنهای بر خلاف روایت رسمی صدا و سیما که مرگ رئیسی را «شهادت» خواندهاند، این رویداد را «درگذشت» و چگونگی آن را «شهادتگونه» خواند و از لفظ شهید و شهادت دستکم به صورت مستقیم استفاده نکرد.
خامنهای در پیامش نوشت که ابراهیم رئیسی، در همه دوران خدمتش به جمهوری اسلامی «یکسره به تلاش بیوقفه در خدمت به مردم و به کشور و به اسلام سپری شد».
خامنهای در ادامه پنج روز عزای عمومی اعلام کرد و مخبر را هم به ریاست موقت دولت گمارد،
وی در پیامش گفت: اینجانب پنج روز عزای عمومی اعلام میکنم و به ملت عزیز ایران تسلیت میگویم. جناب آقای مخبر طبق اصل ۱۳۱ قانون اساسی در مقام مدیریت قوهی مجریه قرار میگیرد و موظف است به همراهی رؤسای قوای مقنّنه و قضائیه ترتیبی دهند که ظرف حداکثر پنجاه روز رئیس جمهور جدید انتخاب شود.
در همین حال علی باقری کنی، معاون سیاسی وزارت خارجه و رئیس تیم مذاکرهکنندگان هستهای جمهوری اسلامی پس از مرگ حسین امیرعبداللهیان و با حکم محمد مخبر به سرپرستی وزارت خارجه رسید. او حالا دستکم در ۵۰ روز آینده سکان وزارت خارجه را در دست دارد و اگر دولتی شبیه به دولت کنونی بر سر کار بیاید جای او در مقام وزیر خارجه محفوظ خواهد بود.
علی بهادری جهرمی، سخنگوی دولت سیزدهم در مصاحبه با صدا و سیما ترتیبات اداره دولت موقت را چنین توصیف کرد:
از روز گذشته معاون اول رئیس جمهوری شش کمیته اجرایی را برای مدیریت امور این ایام ایجاد کردند. کمیتههای اجرایی و تشریفات برای برگزاری مراسمهای مربوطه، کمیته حقوقی، کمیته اقتصادی برای مدیریت متمرکز تر بازار، کمیته رسانه، کمیته بین الملل از جمله کمیتههای تشکیل شده هستند.
او زمان انتصاب علی باقری کنی و ترکیب دیگر کمیتهها را شب گذشته اعلام کرد. زمانی که هنوز خبر مرگ رئیسی به صورت رسمی تأیید نشده بود!
وی گفت: همان دیشب جلسهها برگزار شده و هماهنگیها صورت گرفته است. در زمینه سیاست خارجی آقای دکتر باقری مسئول کمیته خارجی و بینالملل شدند و با توجه به شهادت دکتر امیرعبداللهیان مسئولیت امور را در دست گرفتند.
علی باقری کنی رئیس ستاد انتخاباتی سعید جلیلی در دوران انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۹۲ و معاون جلیلی در زمان ریاستاش بر شورای عالی امنیت ملی بود. او فرزند محمدباقر باقری کنی، عضو سابق مجلس خبرگان رهبری است که در انتخابات ۱۳۹۴ از راهیابی دوباره به آن بازماند. محمدباقر باقری کنی خود برادر کوچکتر محمدرضا مهدوی کنی، رئیس سابق مجلس خبرگان رهبری بود. خانواده پرنفوذ کنی مدتها بر دانشگاه امام صادق سلطه داشتند. علی باقری کنی نیز مدتی استاد این دانشگاه بود. علی باقری کنی همچنین مدتی رئیس ستاد حقوق بشر قوه قضائیه بود. او همچنین برادر مصباح الهدی باقری کنی، داماد علی خامنهای است.
او از شهریور ۱۴۰۰ معاون سیاسی وزارت خارجه بوده است.
پخش اخبار ضد و نقیض از حادثه بیش از ۱۶ ساعت پس از وقوع آن ادامه داشت و این موضوع باعث شد برخی این گمانهزنی را مطرح کنند که پنهانکاری شده است.
نیروهای امدادی جمهوری اسلامی مدعی بودند بهدلیل مه شدید و شرایط جوی ناپایدار قادر به پیدا کردن محل و تعیین سرنوشت سرنشینان هلیکوپتر نیستند.
محل دقیق بالگرد سرنگون شده حدود ساعت ۴ صبح به وقت ایران و با کمک پهپاد دید در شب فرستاده شده از سوی ترکیه مشخص شد اما در ساعات بعد مقامات جمهوری اسلامی اصرار داشتند که تاکید کنند که محل حادثه توسط پهپادهای ایرانی شناسایی شده است.
رئیس پلیس سایبری کشور اعلام کرد «با دقت تمام در حال رصد فضای مجازی هستیم» و شهروندان را تهدید کرد که «در شرایط کنونی و حساس» از انتشار محتواهایی که «احساسات عمومی» را «تحریک» کند باید «خودداری» کنند.
رسانههای حکومتی جمهوری اسلامی صبح دوشنبه خبر کشته شدن ابراهیم رئیسی، حسین امیرعبداللهیان و دیگر سرنشینان بالگرد سقوط کرده در آذربایجان شرقی را رسما تایید کردند.
از زمان انتشار خبر سانحه برای ابراهیم رئیسی و هیات همراه، کاربران ایرانی در رسانههای مجازی به این موضوع واکنش گستردهای نشان دادند. مخالفان حکومت از این موضوع با نوشتههایی همراه طعنه و طنز ابراز خرسندی کردند.