مسعود پزشکیان در واکنش به کشته شدن هنیه گفت: «دیروز دست فاتحِ او را بالا بردم و امروز باید روی شانههایم او را تشییع کنم.» پزشکیان در ادامه تاکید کرد با کشته شدن هنیه، پیوند جمهوری اسلامی و فلسطین مستحکمتر از قبل خواهد شد.
رییس دولت چهاردهم گفت جمهوری اسلامی از «تمامیت ارضی و عزت و حیثیت و افتخار و شرف خود دفاع» و اسرائیل را از «اقدام بزدلانه خود پشیمان خواهد کرد».