در حالی که بسیاری از تحلیلگران سفرهای اخیر شمخانی در رابطه با کشورهای عربی و به ویژه عربستان و بحرین را به معنی نادیده گرفتن وزارت امور خارجه در سیاست خارجی میدانند، و در حالیکه به صورت همزمان کمال خرازی، مشاور علی خامنهای در امور بینالملل و عباس عراقچی، عضو شورای راهبردی روابط خارجی که آنهم زیر نظر رهبر جمهوری اسلامی فعالیت میکند به سوریه سفر کردهاند، شمخانی دبیر شورای عالی امنیت ملی در پایان سفر خود به عراق، ضمن تشریح دستاوردهای حاصل از ملاقات با مسئولین عالی عراق، سفرها به چین و امارات عربی متحده را با دستور رییس جمهور و با اهداف سیاسی، اقتصادی و امنیتی دانست و گفت این سفرها دستاوردهای قابل ملاحظهای به دنبال داشته است.
شمخانی با بیان این موضوع که سفر به عراق با همراهی مسئولین بخشهای اقتصادی، بانکی، سیاسی و امنیتی کشور انجام شده است، گفت مقامهای ایرانی ضمن گفتگو با مقامات عالی عراق موفق شدهاند به راهحلهای مشترک و موثری در خصوص رفع برخی موانع موجود در مسیر همکاری های همه جانبه برسند.
وی همچنین در رابطه به سفر امارات نیز اظهار داشت توافقهایی دربارهی تسهیل مبادلات تجاری بین دو کشور با استفاده از ارز درهم به عمل آمده است. شمخانی همچنین اظهار داشت سازوکارهای اجرایی جدیدی برای استفاده از منابع حاصل از مطالبات ایران از عراق برای خرید کالاهای اساسی و رفع مشکلات ارزی تجار ایرانی صورت گرفته است. شمخانی تصریح کرد این اقدام در کنار توافقات انجام شده با مقامات اماراتی وضعیت بازار ارز کشور را بهبود خواهد داد.
شمخانی همچنین اظهار داشت در کنار گفتگوهای اقتصادی و سیاسی مهم در این سفر که با روسای قوای مجریه، مقننه، قضاییه و بانکهای مرکزی و تجارت عراق انجام شده، موافقتنامه همکاریهای امنیتی بین مقامات امنیت ملی دو کشور هم به امضا رسیده است. وی این اقدام را رخدادی بسیار مهم عنوان کرد.
شمخانی با بیان این موضوع که این موافقتنامه ابعاد مختلفی دارد، گفت دو کشور با برنامهای مشخص تلاش خواهند کرد زمینه شرارت گروههای ضد انقلاب را که تاکنون از اقلیم کردستان دست به اقدامات ضد امنیتی بر علیه ایران میزدند را از میان بردارند.
بسیاری از تحلیلگران واگذاری مسئولیت مذاکرات امنیتی بینالمللی و اقتصادی به عهدهی شمخانی دبیر شورای عالی امنیت ملی را بخشی از تلاشهای رهبر جمهوری اسلامی ایران برای تحت کنترل قرار دادن تمامی نهادها و مجموعهی اجرایی و سیاستگذاری و واگذاری این مسئولیتها به نهادهای تحت حمایت رهبری میدانند.
علی خامنهای در زمان فاش شدن فایل صوتی محمدجواد ظریف هم تاکید کرده بود که تصمیمات در وزارت امور خارجه گرفته نمیشود. گرچه برخی تحلیلگران میگویند منظور علی خامنهای فقط تصمیمات بوده و در آن زمان اجرا به عهدهی وزارت امور خارجه قرار داشته است، تاکید دارند که در رویکرد جدید حاکمیت جمهوری اسلامی دیگر حتی اجرا هم از وزارت امور خارجه سلب شده است.
برخی اصلاحطلبان با ابراز خوشحالی آن را نشاندهندهی شکست دولت ابراهیم رئیسی میدانند و تصور آنها این است که علی خامنهای به دلیل بیعرضه بودن و ناتوانی دولت ابراهیم رئیسی از مدیریت مذاکرات بینالمللی مسئولیت را از وزارت امور خارجه سلب کرده است، اما تعدادی از تحلیلگران با این برداشت موافق نیستند و آن را بخشی از سیاست کلان علی خامنهای برای تحت کنترل قرار دادن کامل سیاست خارجی و تقویت قدرت نهادهای زیر نظر و فرماندهی نهاد رهبری عنوان میکنند.