در پیامی که جواد ظریف برای دوستانش در ارتباط با اعدام علیرضا اکبری صادر کرده از شمخانی دبیر شورای عالی امنیت ملی انتقاد کرده وی همچنین از دام هسته ای از سوی غرب برای کشور نام برده است در این پیام وی میگوید هرچند من مخالف اعدام مرحوم آقای علیرضا اکبری بودم و علیرغم دشمنیهای ۲۵ ساله او تمام تلاشم را برای کاهش محکومیت او انجام دادم ولی مرحوم اکبری طرفدار تند سلاح هستهای و مخالف سرسخت سی تی بی تی در سالهای ۷۹ تا ۸۱ بود که با کمک مرحوم دکتر عسگرخانی، علی منفرد و محمود مهدی سلطانی و با مدیریت علی شمخانی؛ بنده، رضا البرزی، سیروس ناصری و همکارانمان در بخش بینالملل را تا پای زندان. بردند و حتی جناب آقای خاتمی را هم همراه کردند البته ایشان هم مثل مورد اخیر بعدا حلالیت طلبیدند وی افزود فقط رهبری ما را نجات دادند و گفتند تصمیم نظام را اجرا کرده. وی گفت اکبری در نوار تلفنی دفاعیهای که از زندان منتشر کرده و خواهرش برای من جهت کمک ارسال کرد صریحا نقش خود را به عنوان محور مخالفت با سی تی بی تی به عنوان یکی از افتخاراتش که نشان میدهد جاسوس نیست بیان میکند. ظریف افزود وی و رئیسش(شمخانی ) مسببین اصلی بدبختیهای هستهای کشور از سال ۲۰۰۲ تاکنوناند.
وی در پایان گفت بعید است غربیها این سوابق را ندانند. لذا پیراهن چاک کردن آنها بوی بدی میدهد. به عبارتی دام هستهاي برای ما کار خودشان بوده است.
قبلا هم گزارش شده بود که ظریف گفته بود شمخانی نقش کلیدی در بردن کشور به سمت روسیه داشته است .و مقصود وی در نوارش نه سلیمانی که شمخانی بوده است. پرونده هسته ای ایران جدا از خسارتهای که به کشور زده است نقش مهمی در نزدیک سازی جناحهای تندرو به روسیه داشته و حامیان طرفدار عادی سازی رابطه با غرب را به حاشیه رانده است. جالب این است که ظریف پرونده هسته ای و گرفتن موضع رادیکال در این زمینه را دام غرب میخواند.